Asumió la rectoría el Dr. Germán Anzola Montero, quien hasta la fecha dirige la Institución.

La década culminó con la aceptación de la Corporación Universitaria de Ciencias Agropecuarias, como miembro de la Asociación Colombiana de Universidades – ASCUN, hecho que destaca la labor realizada. Desde muy temprano, y en particular con la expedición de la Ley 30/92 sobre Educación Superior, la Universidad encamina sus procesos de autoevaluación y sus planes de desarrollo al reconocimiento como universidad y a la acreditación de sus programas.