Page 14 - Periódico Institucional La U - Febrero de 2015

Periódico LA .D.C.A
Periódico Institucional de la Universidad de
Ciencias Aplicadas y Ambientales U.D.C.A

zol fue de 81,01%,
a amoxicilina de
3,8% y a claritro-
micina de 17,72%,
en Colombia, se-
ñalando, además,
que es uno de los
países donde el
fenómeno de re-
sistencia es más
agresivo.

LOGROS ALCAN-
ZADOS

El grupo de in-
v estiga ciones
Biomédicas y de
Genética Humana
Aplicada –GIBGA-,
de la Universidad
de Ciencias Apli-
cadas y Ambien-
tales U.D.C.A, ha
alcanzado avances
prudentes en el
estudio de la bio-
logía básica de la
bacteria y de otras
asociadas a su pre-
sencia u ausencia.
Por ejemplo, se ha Figura 1. Red de interacción proteica de Helicobacter pylori, con 896 proteínas y 2416 interacciones, con una cobertura del 96% del proteoma, ajustada
a la distribución de ley de potencias. Se observa una fotografía de la PCR casera desarrollada en el laboratorio de biología molecular de la U.D.C.A. Se
logrado desarrollar observan tres árboles filogenéticos y, finalmente, unas curvas de crecimiento de cepas aisladas en el laboratorio.
una PCR casera,
que ha permitido
la identificación
precisa de Helicobacter pylori a partir de ex- los genes que lo componen; la plataforma transferencias: 36, número de genes: 1543,
tractos de ADN. A su vez y gracias al apoyo Rast ha dividido las funciones celulares en 28 Pseudogenes: 52.
institucional, se ha conseguido consolidar subsistemas. Según los resultados obtenidos,
una unidad de análisis bioinformático en el 44%, es decir, 722 genes, están agrupados La proyección a mediano plazo es realizar un
el laboratorio de biología molecular de la dentro de alguna categoría funcional; por estudio biogeográfico a escala del genoma de
U.D.C.A, dando lugar al desarrollo de estu- otro lado, el 55% o 931 genes, no lo están. Helicobacter pylori, para identificar el papel de
dios sobre genética evolutiva, interactómica Estos genes pertenecen a familias proteicas la selección natural en la generación de diver-
computacional, metagenómica, genómica y específicas. En promedio, el genoma ha sido sidad proteomica, como parte de los proyec-
metabolomica comparada, empleando da- depositado en la base de datos GenBank, tos en curso que se están desarrollando por la
tos de secuencias propios y publicados en con el número de acceso JOKW00000000.1, línea de patógenos bacterianos del grupo. El
las bases de datos (Figura 1). con las siguientes características scaffolds: objetivo final es identificar un panel de alelos,
54, contigs: 73, N50: 60,455, L50: 9, tamaño que permitan marcar el horizonte evolutivo de
En otro de los trabajos, se logró la caracte- del genoma: 1.64, contenido de GC%: 38.9, las cepas circulantes y que permitan, a su vez,
rización de la microbiota asociada a esófa- proteínas: 1451, RNA ribosomales: 3, RNA de ser marcadores diagnósticos de la infección.
go de Barrett sin infección por Helicobacter
pylori. A partir de este estudio, se obtuvieron
aislamientos gram-negativos y resistentes a
levofloxacina, amoxicilina, tetraciclina, eritro-
micina y claritromicina, que serán objeto de
estudios posteriores, por parte de los inves-
tigadores y estudiantes del grupo. Se identi-
ficaron los Phylum Bacteroidetes, Firmicutes,
Fusobacteria y Proteobacteria, el género Bac-
teroides y las especies de grupo Bacteroides
fragilis, como los más abundantes. Funcio-
nalmente, el metabolismo de carbohidratos,
de aminoácidos y, en menor grado el meta-
bolismo de cofactores y vitaminas, fueron los
más dominantes (Figura 2).

Por otro lado, se reporta por primera vez,
la secuenciación del genoma de una cepa
de Helicobacter pylori aislada, a partir de
un paciente con gastritis antral difusa, pro-
veniente de una zona de alta incidencia de
Universidad fermedades infecciosas del Instituto Nacio-
cáncer gástrico, en el país. Este trabajo, se
realizó mano a mano con el grupo de en-

nal de Cancerología, liderado por la doctora
María Mercedes Bravo. La cepa se denominó
Col2025, para los procedimientos de anota-
ción en Genbank y posteriores análisis.

El genoma Col2025 presentó 1645487 pares
de bases un tamaño promedio al reportado
para genomas de la bacteria; presentó 1653
secuencias codificantes y 38 genes asocia-
dos al ARN. La clasificación por subsistemas
permitió identificar, por lo menos, el 44% de Figura 2. Árbol comparativo de los géneros bacterianos incluidos en el análisis metagenómico.
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